受河流和大氣降水補給，水量豐富，埋深較淺；基巖裂隙水廣泛分布于橫峰至永平以及武夷山至南平段剝蝕丘陵區(qū)及鉛山至武夷山段剝蝕低山區(qū)，主要接受大氣降水及各種地下水補給, 沿裂隙、斷層徑流，以泉等形式排泄于低洼處,一般不豐富，在斷層破碎帶附近局部水量極為豐富。
由于線路主要是沿河流階地或低山、丘陵穿行，工程地質(zhì)條件較好，依據(jù)線路所經(jīng)地區(qū)的工程地質(zhì)特點，分為沖積階地區(qū)、剝蝕丘陵區(qū)、剝蝕低山區(qū)三個區(qū)。