工程設(shè)計(jì)階段。對工程設(shè)計(jì)內(nèi)容界定不明確，特別是技術(shù)改造項(xiàng)目，將不需重新設(shè)計(jì)的折舊設(shè)備及設(shè)施的造價(jià)計(jì)入工程成本，從而使設(shè)計(jì)費(fèi)用過高。另一方面，設(shè)計(jì)深度達(dá)不到甲方要求，要么投資失控，要么技術(shù)達(dá)不到實(shí)際要求。
工程施工前期。第一，工程招標(biāo)時(shí)沒有按招標(biāo)程序公開招標(biāo)，采用雙方私下議標(biāo)方式，雖然該方式可以為甲方節(jié)約招標(biāo)費(fèi)用，但由于沒有優(yōu)選施工單位，施工期間施工單位可能先答應(yīng)甲方的一切苛刻條件，并想方設(shè)法把工程攬到手，然后在施工期間通過費(fèi)用索賠或結(jié)算糾紛獲利。第二，關(guān)于合同協(xié)議內(nèi)容，目前國家建設(shè)部和國家工商總局已聯(lián)合制定了建設(shè)工程施工合同示范文本，但許多業(yè)主素質(zhì)不高，合同協(xié)議條款不嚴(yán)密，或與國家法律、法令、條例、技術(shù)規(guī)范、圖紙等相違背，或約定的權(quán)利和義務(wù)不明確，為日后經(jīng)濟(jì)糾紛埋下種子。第三，建設(shè)單位任意指定分包單位，但又不以合同形式明確總包單位與分包單位的權(quán)利與義務(wù)。第四，在資金方面，施工準(zhǔn)備期內(nèi)，乙方為攬到工程，會(huì)提出一些優(yōu)惠條件，如帶資或墊資承包，結(jié)算時(shí)又提出利息問題。
工程施工階段
第一，工程施工過程中工程量的變更。在施工中，如遇到不利的自然條件和人為障礙，就要增加處理人為障礙的人工、材料和機(jī)械費(fèi)用等。另外，如果一項(xiàng)工程由多家施工，那么就會(huì)帶來施工配合費(fèi)用及交叉施工的問題。
第二，有關(guān)施工材料方面。如施工中實(shí)際用料的數(shù)量與質(zhì)量，與設(shè)計(jì)料表出入較大，而雙方又沒有及時(shí)溝通，導(dǎo)致結(jié)算糾紛；或者施工材料的采購與保管，雙方未達(dá)成一致，其保管費(fèi)用引起糾紛。
第三，甲方的特殊要求，如合同以外的檢查、試驗(yàn)、加快工程進(jìn)度、提前占用工程等，引起雙方的糾紛。
第四，在工程驗(yàn)收階段，由于施工工程質(zhì)量缺陷，如屋面防水不好、引起滲漏等起糾紛。
工程竣工期。施工單位高估冒算，建設(shè)單位片面壓價(jià)引起同一工程結(jié)算價(jià)差異較大；工程結(jié)算方式，按形象進(jìn)度結(jié)算，存在一定的主觀性，容易引起糾紛。
減少糾紛靠管理
加強(qiáng)設(shè)計(jì)環(huán)節(jié)管理。首先，甲乙雙方要加強(qiáng)工程技術(shù)方案的溝通，明確雙方的責(zé)任、義務(wù)。第二，對設(shè)計(jì)單位嚴(yán)格推行限額設(shè)計(jì)，一方面要求設(shè)計(jì)人員加強(qiáng)工程技術(shù)經(jīng)濟(jì)分析，在限定的投資條件下，優(yōu)化設(shè)計(jì)；另一方加強(qiáng)合同履行管理。簽訂協(xié)議盡量采用合同示范文體，對附加條款要仔細(xì)推敲，并請有關(guān)專家指導(dǎo)；妥善處理合同變更問題。
加強(qiáng)施工各階段管理。首先要求施工管理人員及預(yù)算審定人員要深入現(xiàn)場掌握第一手資料。其次要求施工方在建設(shè)方的變更指令下進(jìn)行施工，然后雙方要簽定新的協(xié)議，以免發(fā)生爭端。對施工中乙方自購的材料，必須經(jīng)甲方進(jìn)行質(zhì)量認(rèn)可，避免結(jié)算糾份。對隱蔽工程加強(qiáng)檢查，完善隱蔽工程現(xiàn)場簽證手續(xù)。
加強(qiáng)審查管理�？⒐そY(jié)算時(shí)，切實(shí)本著實(shí)事求是的態(tài)度，深入細(xì)致進(jìn)行工程施工預(yù)算審查。對工程量不重不漏，依據(jù)施工組織設(shè)計(jì)，深入施工現(xiàn)場，實(shí)地核實(shí)工程量；定額套項(xiàng)合理，基價(jià)換算正確，費(fèi)用計(jì)取要與企業(yè)資質(zhì)證書、核定工程類別相符等。
