1、前期工程投資增加，時有超出概算
由于城市軌道交通項目線路的分布和走向、地下線和高架線以及穿越城市繁華區(qū)域的不同，前期工程投資比例和額度不盡相同，但是，通常一條城市軌道交通線路前期工程的投資約占到總投資的10%以上，并且投資額和投資比重呈逐漸上升的趨勢。
2、管線勘察精度不足、設(shè)計不夠嚴(yán)謹(jǐn)
近些年，市政工程及電力、通訊、郵政設(shè)施工程的建設(shè)和更新改造較為頻繁，熱力、天然氣、路燈、電力、電信等各種地下管線數(shù)量大、線位交錯復(fù)雜，而這相關(guān)的線位圖基本是由各產(chǎn)權(quán)單位獨自保存。
雖然建設(shè)主管部門出臺了城市建設(shè)工程檔案管理條例，但在實際執(zhí)行過程中，產(chǎn)權(quán)單位的歸檔移交工作并不及時、積極。因此，收集地鐵沿線各類管線的線位圖紙異常困難。
從當(dāng)前市場的實際情況來看，城市軌道交通前期工程的設(shè)計和施工單位往往是由一家單位或者是業(yè)內(nèi)相關(guān)單位實施，圖紙沒有相關(guān)機(jī)構(gòu)來審查，建設(shè)單位為了確保工程進(jìn)度通常會同意產(chǎn)權(quán)單位的設(shè)計方案，在監(jiān)督機(jī)制缺失的情況下容易發(fā)生設(shè)計單位通過提胃設(shè)計標(biāo)準(zhǔn)、修改設(shè)計圖紙等方式增加工程量的問題，從而提高建設(shè)成本，增加投資控制難度。
3、行業(yè)壟斷部門較強(qiáng)勢，計價依據(jù)不統(tǒng)一
城市軌道交通項目產(chǎn)權(quán)管理部門大多是壟斷性行業(yè)部門，由下屬單位或相關(guān)單位來負(fù)責(zé)項目的設(shè)計、采購、施工等環(huán)節(jié)，通過設(shè)立行業(yè)許可、驗收壁壘等方式來限制外部競爭。
因此，建設(shè)方只能和產(chǎn)權(quán)方進(jìn)行談判，在合同談判的過程中，考慮到工期壓力，加之建設(shè)方處于被動地位，往往是施工方案經(jīng)過各方商討、協(xié)調(diào)能夠確定，價格談判卻經(jīng)常是由產(chǎn)權(quán)方指定的施工單位自主報價，報價缺乏依據(jù)，合同以暫定價形式簽訂，待竣工后按實際結(jié)算。然而，在實際執(zhí)行過程，由于施工單位報價虛高，暫定價首付款較大，有可能發(fā)生最后結(jié)算金額小于首付款的超付情況，無法有效控制建設(shè)成本，增加了投資控制難度。
另外，城市軌道交通項目前期工程計價依據(jù)不統(tǒng)一，難以做到標(biāo)準(zhǔn)化管理。由于城市軌道交通工程專業(yè)多，施工工藝復(fù)雜，各城市的地鐵建設(shè)方會組織編制相應(yīng)的定額。
因為行業(yè)壟斷，各產(chǎn)權(quán)部門采用行業(yè)內(nèi)部的管理辦法，行業(yè)內(nèi)的定額依據(jù)和取費標(biāo)準(zhǔn)偏高，費用計算時各種難度系數(shù)、專業(yè)系數(shù)等偏大，費用較高；其次，前期工程中需要采購的材料量大、規(guī)格多，產(chǎn)權(quán)方并不愿完全參照地鐵信息價，最后，對于沒有信息價的材料，雙方詢價的結(jié)果往往是產(chǎn)權(quán)方的詢價高于建設(shè)方的，因此編制出的預(yù)算也偏高。
4、拆遷難度大、補償標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一
當(dāng)前，在XX地鐵建設(shè)過程中涉及到的征地、拆遷工作是由市地鐵公司委托各區(qū)的建設(shè)局實施，按工作量支付給各區(qū)建設(shè)局一定管理費用。這種模式的優(yōu)勢是便于地鐵公司統(tǒng)一實施、管理，能夠保證工程進(jìn)度；不足之處是各區(qū)往往會考慮到自身區(qū)域建設(shè)的發(fā)展或者工作方便，搭建拆除區(qū)規(guī)劃路或其他建筑物，從而增加地鐵拆遷費用。
另外，各區(qū)拆遷補償標(biāo)準(zhǔn)不同，不便于管理。譬如，一些新的開發(fā)區(qū)本身有大量的拆遷工作，因此有完整統(tǒng)一的拆遷補償標(biāo)準(zhǔn)，而一些老的行政區(qū)的轄區(qū)內(nèi)城建改造已基本完成，拆遷工作量較小，拆遷補償成本往往較高。
