1、前期工程投資增加，時有超出概算
2、管線勘察精度不足、設計不夠嚴謹
近些年，市政工程及電力、通訊、郵政設施工程的建設和更新改造較為頻繁，熱力、天然氣、路燈、電力、電信等各種地下管線數量大、線位交錯復雜，而這相關的線位圖基本是由各產權單位獨自保存。
雖然建設主管部門出臺了城市建設工程檔案管理條例，但在實際執(zhí)行過程中，產權單位的歸檔移交工作并不及時、積極。因此，收集地鐵沿線各類管線的線位圖紙異常困難。
從當前市場的實際情況來看，城市軌道交通前期工程的設計和施工單位往往是由一家單位或者是業(yè)內相關單位實施，圖紙沒有相關機構來審查，建設單位為了確保工程進度通常會同意產權單位的設計方案，在監(jiān)督機制缺失的情況下容易發(fā)生設計單位通過提胃設計標準、修改設計圖紙等方式增加工程量的問題，從而提高建設成本，增加投資控制難度。
3、行業(yè)壟斷部門較強勢，計價依據不統(tǒng)一
城市軌道交通項目產權管理部門大多是壟斷性行業(yè)部門，由下屬單位或相關單位來負責項目的設計、采購、施工等環(huán)節(jié)，通過設立行業(yè)許可、驗收壁壘等方式來限制外部競爭。
因此，建設方只能和產權方進行談判，在合同談判的過程中，考慮到工期壓力，加之建設方處于被動地位，往往是施工方案經過各方商討、協(xié)調能夠確定，價格談判卻經常是由產權方指定的施工單位自主報價，報價缺乏依據，合同以暫定價形式簽訂，待竣工后按實際結算。然而，在實際執(zhí)行過程，由于施工單位報價虛高，暫定價首付款較大，有可能發(fā)生最后結算金額小于首付款的超付情況，無法有效控制建設成本，增加了投資控制難度。
另外，城市軌道交通項目前期工程計價依據不統(tǒng)一，難以做到標準化管理。由于城市軌道交通工程專業(yè)多，施工工藝復雜，各城市的地鐵建設方會組織編制相應的定額。
因為行業(yè)壟斷，各產權部門采用行業(yè)內部的管理辦法，行業(yè)內的定額依據和取費標準偏高，費用計算時各種難度系數、專業(yè)系數等偏大，費用較高；其次，前期工程中需要采購的材料量大、規(guī)格多，產權方并不愿完全參照地鐵信息價，最后，對于沒有信息價的材料，雙方詢價的結果往往是產權方的詢價高于建設方的，因此編制出的預算也偏高。
4、拆遷難度大、補償標準不統(tǒng)一
當前，在西安地鐵建設過程中涉及到的征地、拆遷工作是由市地鐵公司委托各區(qū)的建設局實施，按工作量支付給各區(qū)建設局一定管理費用。這種模式的優(yōu)勢是便于地鐵公司統(tǒng)一實施、管理，能夠保證工程進度；不足之處是各區(qū)往往會考慮到自身區(qū)域建設的發(fā)展或者工作方便，搭建拆除區(qū)規(guī)劃路或其他建筑物，從而增加地鐵拆遷費用。
另外，各區(qū)拆遷補償標準不同，不便于管理。譬如，一些新的開發(fā)區(qū)本身有大量的拆遷工作，因此有完整統(tǒng)一的拆遷補償標準，而一些老的行政區(qū)的轄區(qū)內城建改造已基本完成，拆遷工作量較小，拆遷補償成本往往較高。
